Hola Jose:
Creo que no tendrás problemas cargando los últimos 12 meses (hasta 18 meses si tienes unos empleados desafortunadamente en situación de baja tanto tiempo que apuntan a extinción) de aquellos empleados que vas a integrar en SAP.
Entiendo que los periodos contabilizados los tienes para los empleados que ya estan en SAP, y evidentemente no para aquellos que están en el proceso de incorporación al sistema.
Si piensas asignar estos nuevos empleados a la misma area de nomina, lo que tendrás que hacer es quedarte un fin de semana (o pillar el mejor momento para ello) para hacer la carga modificando le registro de gestión para cargar cada periodo.
Si tienes un area de nomina especifica pues al gusto del consumidor.
No te debería preocupar contabilizar periodos cerrados cargados con el ELK0, con el IT0003 fijas la retro maxima a nivel personal (de todos modos jamas se hará retro mas haya de la fecha efectiva de incorporación al sistema de cada uno que incorporas).
Esto o no he entendido el problema que tienes 
Antoine